بیماری‌های باکتریال :
1 ) فرونکلوزیس: یکی از شایع ترین بیماری‌های میکروبی آزاد ماهیان است . این بیماری با افزایش درجه حرارت کم شدن میزان اکسیژن محلول وجمعیت زیاد ماهیان ارتباط و همبستگی دارد . این بیماری ممکن است در هر سنی ماهیان را مبتلا سازد ولی در بین ماهیان انگشت ‌قدی شایع‌تر و خطرناک‌تراست مهمترین علامت این بیماری تغییرشکل طحال است که به شکل قرمز در می آید کبد بی‌رنگ و خونریزیهای وسیع در تمام سروز های سطحی دیده می‌شود .ماهی تغذیه نمی کند و خون به داخل روده‌هاا وارد شده زخم در پوست و ماهی پس از تیره شدن بلافاصله می‌میرد. کورک‌ها در پوست رشد می‌کند ولی به قسمت‌های تحتانی نمی‌رسد درشکل مزمن بیماری کورک‌ها با مواد نکروتیک در پوست مشاهده شده و در این شکل کورک‌ها به قسمت‌های زیرین پوست رفته و به عضلات می‌رسد.
2) بیماری باکتریال آبشش‌ها B.G.O : چندین نوع بیماری آبشش در ماهیان یافت می‌شود . بیماری آبششی میکروبی که در اثر آلودگی به میکسو باکتر ها یجاد می‌شود و بیماری آبشش تغذیه‌ای که در اثر کمبود اسید پانتوتنیک ایجاد می‌شود . بیماری آبشش هموراژیک که با ظهور اتساع‌های شریانی به اندازه دانه های شن در مویرگهای آبششی مشخص است و عامل آن آلودگی‌های شیمیایی ، حشره‌کشها و انگلهای خونی است . برانکیو مایکوزیس بیماری آبششی است که در اثر آلودگی قارچ آبشش ایجاد می‌گردد . در تمام این حالات یکی از بارزترین نشانها افزایش ترشحات موکوسی توسط آبشش‌ها است .
3 )بیماری پوسیدگی باله و دم FR.TR : عامل مستقیم آن را باکتریهای گروه ایروموناس و پزودوموناس می دانند اولین نشانه بروز خط سفیدی است که روی لبه خارجی باله‌ها دیده می‌شود که به طرف پایه باله‌ها در حال پیشرفت است . باظهور زخم لبه خارجی در اثر تحلیل رفتن نسوج نرم بین باله‌ها حالت رشته‌رشته پیدا می‌کند . این حالت در ماهیان آکواریومی و آزاد ماهیان بوفور دیده می‌شود . تراکم زیاد حرارت بالا و بدی تغذیه( کمبود اسید فولیک واینوزیتول) یا افزایش ویتامین A ممکن است باعث گسترش پوسیدگی باله و دم ‌شود .
4 ) بیماری باکتریال کلیه B.K.D : هنگامی که درجه حرارت افزایش یابد بیماری کلیه بیشتر می‌تواند به عنوان یک بیماری مزمن و پنهان بروز کند . بعضی همه گیریها در پاییز و بعضی در بهار رخ می دهد مرگ‌ومیر تدریجی است ولی ناگهانی بالا می رود . برآمدگی حباب مانند در طول خط پهلو ، برجستگی غیر گسیخته به صورت مناطق بیضی و یا دایره‌ای شکل در ناحیه پوست رنگ ماهی تیره شده و به گوشه حوضچه‌ها و یا ورودی آب پناه می‌برند . ماهیها در اثر بدی تغذیه نیم کور یا کور می‌شوند.
بیماری ‌های قرمز روده‌ای ERM : این بیماری در قزل‌آلاهای رنگین‌کمان مشاهده می‌شود . عامل آن یرسینیا راکری است . التهاب و تخریب فکها . سقف دهان در قزل‌آلاها تنها مشخصات بیماری دها ن قرمز نیست بلکه این علائم دربیماری‌هایی نظیر بیماری آب سرد و بیماری زخم نیز دیده می‌شوند. ماهی در این حالت بی‌حال و به رنگ تیره در می‌آید . قرمزی دهان و سرپوش آبشش ساقه دمی و پایه باله‌ها ، در موارد مزمن بیماری کوری اگزوفتالمی حرکت بدون هدف ، اتساع شکمی ، رنگ پریدگی آبشش‌ها و لاغری دیده می شود
بیماری‌های انگلی ماهیان شامل قارچی و انگل‌های کرمی ماهیان می‌باشد .
 

بیماری‌های قارچی ماهیان :
ساپرولگنیازیس : بیماری قارچی ماهیان و تخم‌های آنان است . بیشتر گونه‌های این خانواده روی اعضاء مرده جانوری رشد و نمو می‌کنند . عوامل متعددی زمینه‌ساز علت اولیه و ثانویه و تداوم ‌ساپرولگنیازیس ماهیان می‌باشند که عبارتند از بدی تغذیه ، حضور مواد سمی در آب ، صدمه به پوست ، باله‌ها و آبشش‌ها بر اثر انگل‌های خارجی ، زخم‌های فیزیکی ، استرس‌های فیزیکی نظیر کاهش درجه حرارت افزایش یا کاهش PH و بالا رفتن شوری آب ، سرعت رشددر درجه حرارت 15 ـ 5 درجه کند است ولی در حرارت 26 ـ 18 بسیار تند است . علائم ابتلا شامل حضور توده پنبه‌مانند سفید تا خاکستری ، قهوه‌ای رنگ بر روی پوست ، باله‌ها ، آبشش‌ها یا چشم ماهی یا روی تخم‌های آنان می‌باشد .
انگل‌های تک یاخته‌ای :
کاستیازیس : این تک یاخته به طور عادی در روی پوست و آبشش ماهیان دریایی و آب شیرین به تعداد کم و بدون عارضه‌ای وجود دارد . قسمتی از خوراک این انگل شامل سلولهای پوششی کنده شده وپس مانده‌های سلولی میزبان می‌باشد . در اثر شرایط مناسب این انگل توسعه یافته و تلفات ماهیان افزایش می‌یابد. این انگل به کرات در ماهیان آکواریومی مشاهده و باعث تلفات گردیده است . این بیماری در حرارت بالای 25 درجه سانتیگراد دیده نمی‌شود . بچه ماهیان و ماهیان جوان در زمستان گذرانی انگل به این انگل حساسترند علائم شامل افزایش موکوسی قسمت های الوده بدن عدم تغذیه ، آسیب دیدن پوست و آبشش‌ها ، حرکات کند ماهی آلوده ، معلق بودن ماهی در آب
بیماری لکه سفید یا ایک ICH یکی از شایع ترین بیماری‌های ماهی در بین ماهیان آکواریومی پرورشی و حتی وحشی است . ماهیان به طور دسته جمعی به محل ورود آب استخرها نزدیک می‌شوند. ماهیان در داخل استخر سریعا تغییر محل می‌دهند . ماهیان شدیدا ناراحت بوده و تنه خود را به کف استخر و کناره‌ها می‌مالند . لکه‌های سفید روی سطح بدن ظاهر می‌ گردد که به صورت سر سنجاقی است
تریکودینیازیس : یکی از بیماری‌های شایع مزارع پرورش است ، این بیماری در سنین مختلف بروزکرده و بخصوص در بین بچه ماهیان بیشتر مشاهده می‌شود . بدن ماهی به رنگ مات درآمده و از ترشحات لعاب‌مانند سفید رنگ پوشیده می شود . اضطراب در ماهیها ، مالیدن بدن به کناره‌های استخر، زخم زیر شکم و باله‌‌ها ، لخته‌های خون در بین رشته‌های آبششی ، لاغری ماهیان .از علایم درمانگاهی بیماری است
انگل‌های خارجی ماهیان :
ژیروداکتیلوس : این کرم به عنوان انگل پوست و باله های اغلب ماهیان پرورشی به خصوص کپور ماهیان محسوب می‌گردد و در بعضی از ماهیان در روی آبشش‌ها نیز دیده می‌شود . ویکی از عوامل مهم تلفات بچه ماهیان و نیز ابتلابه بیماری‌های قارچی محسوب می‌شود . انگل بوسیله قلابهای فرو رونده بر روی پوست یا آبشش‌ها ثابت شده و از سلول‌های پوششی تغذیه می‌کند و چسبندگی آنها به بدن ماهی از سایر انگل بیشتر است و حتی پس از مرگ بدن میزبان را رها نمی‌سازد.
داکتیلوژیروس : کرم قلابدار خونخوار آبشش ماهیان است و بیشتر در کپور ماهیان دیده می‌شود . کرم‌های قلابدار آبشش ماهیان از سلولهای پوششی و سپس از خون ماهیان به شدت تغذیه می‌کنند . وسبب خونریزی شدید ، لخته و خلط و تغییر رنگ آبشش‌ها می‌شود و مرگ‌ومیر زیادی به همراه دارد.
کرم چشم یا دیپلوستومیازیس : این متا سرکرها انگل عدسی چشم ماهیان هستند . که سبب کدورت کره چشم و کوری می‌گردد . تعدادمتا سرکر ها در یک چشم ممکن است تا500 عدد برسد . ماهیان کور اغلب یا بسیار روشن یا بسیار کدر هستند . کم وزنی و لاغری از علائم دیگر بیماری می باشد .
دیفیلو بوتریوزیس : بیماری انگلی است از کرمهای نواری شکل که در عضلات ماهی به صورت پلرو سرکویید دیده می‌شود . انگل بالغ در انسان و یا سایر حیوانات که از گوشت ماهی تغذیه می‌کنند یافت شده و این کرم در روده انسان و حیوان به طول 20 ـ 2 متر می‌باشد . تخم‌های کرم همراه مدفوع انسان یا سایر حیوانات دفع شده و سپس به بدن میزبان واسط که یک نرم‌تن است وارد شده و ماهی با بلع نرم‌تن الوده مبتلا به انگل شده و عضلاًت ماهی مبتلا به انگل خواهد شد.اگر گوشت ماهی به حالت نیم‌پخته یا خام مصرف شود باعث آلودگی انسان و یا سگ خواهد شد .